Myca stiamo scherzando! – Atto IV

Dove si raccontano i preparativi per il torneo, le prime schermaglie e la battaglia finale, senza lesinare effetti speciali e grandi sorprese.

Bruno l’hidalgo sin tierra mobilitò tutti i suoi scudieri per il gran torneo su MYC nella città di San Diego e disse loro: “voglio che tutti i guerrieri disponibili vengano con me alla battaglia! Dall’ultimo soldato-studente ai colonnelli che ho cresciuto sotto le mie ali per più di due lustri, tutti devono contribuire alla pugna!”. Martino di Renania e Davide l’archiatra di Marylandia, sicuri di essere i vincitori, vennero soli o accompagnati da fanti male equipaggiati. Riccardo I il giovane, con grande sorpresa di tutti, si negò accampando altri importanti impegni da duca, e mandò il suo fido luogotenente Carletto.

E venne gennaio, e con esso il torneo. Una grande folla si radunò nel castello dedicato ad ospitare l’evento, e non mancarono banchetti, libagioni e intrattenimenti di ogni sorta. Si cominciò con le fasi preliminari, dove un vecchio saggio fece il punto della situazione su MYC e altri contendenti duellarono su aspetti minori. Stranamente, mancavano di spirito pugnace: sembrava che più che essere interessati ad affrontarsi e cercare il graal, molti scienziati fossero piuttosto propensi a raccontare la propria versione dei fatti, ignorando tutto ciò che la contraddiceva.

Il giorno precedente la sfida tra i quattro, ora diventati tre, gli eserciti si confrontarono per le prime schermaglie: nella scienza, come negli scacchi, sono i pedoni che attaccano per primi. Si affronatarono il poster di Riccardo, presentato dal fido Carletto, il poster di Davide, presentato da un’ineffabile fante del paese del Catai, e i molti poster dell’armata di Bruno. Di Martino, nessuna traccia. Piccoli manipoli di guerrieri attaccavano cercando errori e discutendo animatamente. Davide praticava la spietata tecnica dello struzzo, di cui era maestro: ripeteva alla nausea le sue idee ignorando quelle degli altri, anche quando i dati lo contraddicevano. “La vostra analisi non è corretta!” ripeteva, “dovete fare come dico io, senza soglie arbitrarie! Anzi, come dice Carletto. Andate al suo poster e fatevi spiegare”. Bruno cercò di farlo ragionare, poi, disperato, lo mollò ad una soldatessa pensando: “domani ti farò vedere io!”. Una truppa d’elite dell’hidalgo, formata da tre esperti in tutte le discipline di combattimento, attaccò quindi il poster di Carletto. “Sì sì, vedete, noi non usiamo soglie per determinare quali geni MYC va a trovare, li consideriamo tutti. Cioè, tutti quelli attivi.” “Ma come definite i geni attivi?” – chiesero i tre. “Beh, con un’altra soglia! Però noi poi fittiamo una funzione.” “E come la scegliete?” – lo incalzarono – “Beh ho chiesto ai miei amici fisici che mi hanno detto: prova questa, di solito funziona!”. “E il sistema del nostro articolo, in cui MYC va su tutti i geni accessibili ma non li amplifica, come lo spiegate?” “Ma forse una normalizzazione…” “No no, i dati sono già normalizzati!” “Forse allora i geni erano già espressi prima…” “No no, abbiamo misurato solo l’espressione negli ultimi 10 minuti” “allora… allora… Beh ma io volevo solo proporre qualche nuova idea nel campo!”. “Le nuove idee sono sempre le benvenute” dissero i tre “ma devono spiegare tutti i dati. Altrimenti, sono solo fonte di confusione.” E lasciarono Carletto a meditare.

Venne poi il giorno della tenzone finale. Parlò per primo Martino, che raccontò la sua visione delle cose: “MYC può essere un amplificatore, ma solo ad alte concentrazioni. E il mio amore, Miz1, è indispensabile per la repressione. Ora però vi parlerò di tutt’altro.” Bruno era perplesso e pensava tra se e se: “questo lo sapevo, caro teutone, c’è scritto nel tuo articolo! Ma i miei dati, le nostre conversazioni, le ignori?”. Toccò poi a Davide. Con ironia e metafore accattivanti, propose la sua versione dei fatti: “MYC è un amplificatore, ma non lineare, a causa dei feedback della rete di regolazione. Quindi! Alcuni geni verranno amplificati di più, altri di meno. Vedete? C’è scritto anche nei libri di ingegneria: si chiama funzione di trasferimento. È una magia potente, che mette a posto tutto e dimostra inconfutabilmente che ho ragione.” E passò a parlare d’altro. Bruno era ancora più perplesso: “ma come? Ma non eravamo qui per discutere su come capire il nostro graal? Perché ognuno presenta solo i suoi risultati e ignora quelli degli altri?”.

E finalmente, venne il suo turno. “In questo torneo, dovremmo discutere di come MYC regola l’espressione genetica, confrontando le due visioni proposte da me e dall’assente signor duca.” – iniziò – “Io qui però ho sentito solo versioni della storia già note. E perché ci saremmo presi la briga di venire qui allora? Io ora riassumerò le due interpretazioni proposte e farò parlare i dati. Da che mondo è mondo, un modello scientifico è valido solo se spiega tutti i dati precedentemente accumulati, più nuove osservazioni che non si riescono ad inserire nel modello precedente. Da qui, la nostra conoscenza di MYC, e della natura, può progredire. Pensate alla relatività generale di Alberto l’Arruffato! Certo non contraddiceva la teoria della gravità del vecchio Isacco d’Inghilterra. Oppure alla teoria della meccanica dei quanti! Forse che contraddiceva la mirabile meccanica del mondo macroscopico, su cui si basa ancor’oggi l’ingegneria? Al contrario! Queste teorie estendevano e non contraddicevano le precedenti. Qui abbiamo dei dati su cui siamo tutti d’accordo: l’invasione dei geni accessibili, l’amplificazione in termini assoluti. Ma finora voi avete fatto un errore: avete confrontato solo sistemi in cui le cellule sono molto diverse tra loro, come cellule normali e tumorali. Tante cose potrebbero essere successe! Ad alte concentrazioni, MYC potrebbe aver prima invaso i geni, attivato programmi di regolazione specifici, e infine fatto crescere le cellule, con la conseguente amplificazione di tutto. Io però ho un sistema in cui alzo MYC quando voglio e poi lo seguo nel tempo. Vedo l’invasione, ma non l’amplificazione, perché i tempi sono troppo stretti, quindi il modello di amplificazione diretta non può essere valido! E se qualcuno trova errori nel nostro modo di lavorare, accomodatevi, sono pronto ad ammettere i miei errori. Ma se nessuno si alza a ribattere io mi dichiaro vincitore della tenzone”. Dopo l’applauso di rito, ci fu silenzio in platea. Martino e Davide, che avevano confabulato tra loro mentre Bruno parlava, tacquero.

E fu così che l’hidalgo sin tierra fu chiamato l’hidalgo senza paura.

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Myca stiamo scherzando! – Atto III

Dove la storia prende una svolta senza precedenti, e si prepara il terreno per lo scontro finale.

I nostri eroi sono affaccendati nella preparazione del convegno, dove, al cospetto dell’intera comunità, le loro diverse posizioni si confronteranno. I mesi successivi furono tutti uno scaricare dati, una rianalisi, uno scrivere messaggi tra il mellifluo e l’intimidatorio, sperando che a qualcuno saltassero i nervi. Una vera e propria guerra psicologica. “Non vedo l’ora di poter discutere le mie idee con te!”, “ma perchè non hai ottenuto i dati in questa maniera?”, “i dati vanno analizzati così!”, “sì certo, ma noi preferiamo farlo cosà”.

Le due fazioni scientifiche erano composte da due coppie di vecchi amici, sulle stesse sponde dell’atlantico. Davide e Riccardo I continuavano a pubblicare articoli sostenendo la tesi dell’amplificazione generale, riscuotendo grande consenso presso la comunità e usando l’ironia come arma di propaganda (MYC, alza il volume!). Bruno e Martino consolidavano i loro risultati, convinti di essere nel giusto ma ben consci dell’impari spiegamento di forze che avrebbero dovuto affrontare.

Ma giusto un mese prima di San Diego, accadde un fatto straordinario: un articolo a firma di Martino e Davide insieme apparve su Trends in cell biology! Il nome era tutto un programma: “Addomestichiamo la bestia: la forma dell’amplificazione MYC-dipendente”.

“Ma come?” – disse Bruno – “Martino, tu quoque? Ma non abbracciavi anche tu la versione della regolazione selettiva?”. “Ma no caro Bruno” – rispose il teutone – “se leggi la fine del mio primo lavoro, è tutto scritto lì! L’amplificazione generale è prevalente quando MYC è poco, poi si sovrappone alla regolazione selettiva! Ovviamente ho tenuto il piede in due scarpe, e vedi che ho fatto bene: ora posso dare ragione agli amici del nuovo mondo. Basta che non mi tolgano la mia Miz1 a cui tanto voglio bene.”

“Tradimento!” – pensò l’hidalgo – “ora, oltre ad essere sin tierra sono pure sin amigos! Come farò a San Diego? Ma io so cosa vuol dire combattere contro i mulini a vento. Forse le nostre versioni sono riconciliabili… forse c’è ancora spazio per mediare… oppure no, bisogna affrontare la realtà e andare al gran torneo senza poter contare su nessuno se non sui miei fidi scudieri. E’ un mondo difficile. Tutti al lavoro!”

Dopo gli ultimi, convulsi preparativi, i quattro erano ormai pronti per la sfida finale, con le loro certezze e i loro dubbi. Chi vincerà? Chi riuscirà ad avvicinarsi di più al mistico MYC?

Myca stiamo scherzando! – Atto I

Dove la vita dei paladini di Myc viene sconvolta da un evento senza precedenti, e le sue conseguenze sui personaggi non si fanno attendere.

Correva l’anno di grazia 2012. Nei laboratori ai quattro angoli del pianeta, scienziati di ogni sorta facevano le ore piccole e accumulavano frustrazioni nell’attesa dell’illuminazione che avrebbe dato senso ad anni di ricerche ed esperimenti.

Anche Bruno, Martino, e tutti gli altri esperti di MYC erano concentrati sui loro progetti, quando il loro sguardo cadde sull’ultimo numero della prestigiosa rivista Cell. Due articoli, pubblicati back-to-back, cioè uno dopo l’altro, parlavano di MYC! Qualcuno avrà mosso un altro passo verso il sacro graal, si dissero, e si buttarono nella lettura.

Ben presto la loro curiosità si mutò in stupore, e lo stupore in perplessità. I due lavori erano a firma di Riccardo I e Davide, due tra i massimi esperti in questo campo, e sembravano scompigliare tutte le carte in tavola. “Vedete,” – diceva il duca Riccardo I – “finora ci siamo sempre equivocati. MYC non regola geni come abbiamo sempre pensato! Non è che alcuni vengono potenziati e altri vengono spenti, così coordinando i processi cellulari con una precisione quasi sovrumana. No, no. MYC è molto più stupido! Lui non fa altro che legarsi a tutti i geni che trova, alzare un po’ l’espressione di tutti, senza discriminarne nessuno. E più si lega, più li alza. D’ora in poi lo si dovrà chiamare amplificatore generale

“E’ vero, è vero!” – chiosava l’archiatra – “anch’io la vedo così, e non certo perchè son amico di Riccardo! Anche nel mio sistema vedo lo stesso effetto! Anzi, usando le mie conoscenze di economia, ve lo spiego in questi termini: MYC non è un pedante “manager microeconomico” della cellula che, inforcati i suoi occhialini da contabile, controlla con precisione ogni gene e dice: “tu un po’ di più, tu un po’ di meno”, come si è sempre pensato. E’ invece un tirannico “zar macroeconomico” che impone una regola generale su tutti i geni attivi: “tutti su”!

“Ma come” – risposero gli Europei – “noi vediamo benissimo che alcuni geni vengono repressi, diminuiscono la loro espressione! Come fanno ad essere tutti amplificati?”

“Perchè voi avete sbagliato tutto, cari miei” – riprese Riccardo – “la soluzione è sempre stata sotto i vostri occhi: l’espressione diminuisce rispetto alla media dei geni espressi, ma in assoluto aumentano tutti!”

“Beh, si, ma è ovvio” – balbettarono – “uno degli effetti principali di MYC è quello di far crescere le cellule, quindi dopo un po’ le cellule saranno più grandi e conterranno di più di tutti i loro componenti, ma non è certo MYC a farli crescere tutti! Ci sono anche effetti indiretti. E poi, signor duca, perdoni l’ardire, ma come fa a dire che l’aumento generalizzato è più importante della modulazione intorno alla media?”

“Le vostre chiacchiere mi hanno stufato” – disse il duca, con il tono di chi non ammette repliche – “è chiaramente come dico io, e se non siete convinti, to’, vi metto un altro articolo su Cell in cui vi spiego questo punto.”

La perplessità di Bruno e Martino, condivisa da altri influenti membri della comunità, si trasformò in turbamento: “quest’offesa dev’essere lavata!” “Quest’uomo profana il sacro MYC!” e si misero febbrilmente al lavoro…

Myca stiamo scherzando! Prologo

Dove si descrive qualcosa che tutti vogliono e che nessuno riesce ad avere, si presentano i personaggi, e si prepara il lettore ai mirabolanti eventi dei prossimi atti.

Il protagonista indiscusso della nostra storia è MYC, figlio del proto-oncogene, maestro regolatore del genoma, signore della crescita cellulare, gran fattore di trascrizione, eterodimero di preferenza e fosfoproteina nucleare: ha possedimenti nei regni della proliferazione, apoptosi, metabolismo e differenziamento. Molti lo vogliono ca(r)pire, ma lui sfugge ad ogni tentativo, e nessuno ci è ancora riuscito completamente.

Come un moderno graal scientifico, dai quattro angoli del mondo ci si affanna per carpire i segreti di MYC, proteina implicata in moltissimi tumori, che agisce sulla cellula in maniera estremamente complessa e interconnessa sulla cellula. La conoscenza scientifica è però un processo incrementale, dove ogni studio chiarisce un aspetto limitato del problema. Piano piano, con fatica e sudore, la nebbia si dirada e la nostra comprensione dei fenomeni si fa più completa.

Ed è proprio nel mezzo di questo processo che si svolge la nostra storia, di cui ora introdurremo i personaggi:

Riccardo I il giovane, duca di Nuova Inghilterra. Imponente e influente, presiede un grande gruppo di ricerca in uno dei più prestigiosi istituti americani. Tra le sue attività, ha anche contribuito con un impressionante numero di lavori, pubblicati nelle migliori riviste, all’avanzamento della comprensione dei meccanismi di MYC.

Davide, archiatra di Marylandia. Uno dei più grandi esperti viventi di MYC, è attivo da decenni in questo campo. Medico di formazione, dirige un gruppo di ricerca in uno dei migliori ospedali americani, ma si diletta anche di scienze quantitative, come la matematica e l’economia.

Martino di Renania: teutonico esperto di MYC e gran affabulatore, è a capo di un gruppo nella ridente bassa Franconia e divide le sue attenzioni tra MYC e Miz1, un’altra sfuggente proteina che lui pensa sia la via ultima per comprendere i segreti del sacro graal.

Bruno, l’hidalgo sin tierra: le sue origini sono avvolte nel mistero e spaziano tra il nuovo e il vecchio mondo, è un uomo tutto d’un pezzo ed è a capo di un gruppo e di un centro di genomica in Italia, lavora su MYC da più di 10 anni. Accosta al rigore scientifico la passione dell’animo latino.

Nei prossimi atti narreremo le loro mirabolanti avventure alla ricerca di MYC.

Un po’ di scienza e una partenza

Nelle mie intenzioni programmatiche, su questo blog si parlerà dei due argomenti che più mi stanno a cuore: la scienza e il viaggiare. Mi piace pensare che siano due aspetti della stessa medaglia: la curiosità che spinge lo scienziato a portarsi ai confini della conoscenza, non è forse simile all’inquietudine che spinge il viaggiatore verso l’esplorazione di terre ignote?

La differenza è che con la scienza ci pago le bollette, con i viaggi no. Qualche volta, però, capita di viaggiare per ragioni scientifiche, e nella prima serie di post, vorrei descrivere una di queste fusioni. Ma prima occorre che introduca brevemente me stesso e il mio campo di ricerca.

Sono un fisico che si è spostato verso la biologia e che ora si occupa di bioinformatica in un campus oncologico. Nel gruppo in cui lavoro da qualche anno ci si interessa di una proteina particolare, implicata in molti tipi di tumori, che si chiama MYC. Ora, negli ultimi anni in questo campo (anzi in un sotto-sotto campo) si è scatenata una diatriba scientifica a colpi di dati controversi, interpretazioni discordanti, e anche qualche colpo basso (anche gli scienziati sono uomini, non dimentichiamolo mai). La “resa dei conti” tra i sostenitori delle diverse interpretazioni avverrà ai primi di gennaio a San Diego, in un meeting dedicato proprio a MYC, a cui andrò anch’io, insieme a molti altri membri del gruppo. Il mio intento è quello di far apprezzare ai non addetti ai lavori il lato umano di questo dibattito e alzare un po’ il velo sulla misteriosa vita degli scienziati. Per evitare la fuga di massa di fronte agli argomenti scientifici, ho deciso di scrivere una commedia in 4 atti, dal titolo “Myca stiamo scherzando!”: nei prossimi 4 post mi occuperò di personaggi e introduzione, e dei primi 3 atti. L’ultimo atto sarà il meeting di San Diego e di cui darò conto live e che descriverò alla fine.

Per rimanere in tema viaggi, Il convegno su MYC è il pretesto ideale per aprire questo blog, perché mi ha permesso di partire per un bel viaggio subito dopo. La destinazione l’ho scelta con un semplice ragionamento geografico: la California (Nord) l’ho già vista. I deserti e l’interno (Est) pure. A Ovest c’è l’Oceano. Non restava che andare a Sud! In Messico.

L’idea di andare a Sud mi è piaciuta da subito. Adoro viaggiare in paesi caldi e meno sviluppati. Mi piace spostarmi lentamente, conoscere le persone locali e passare tempo con loro. Non mi piacciono gli alberghi lussuosi e i ristoranti pretenziosi, e devo sempre tornare con delle storie da raccontare. E’ una vocazione vagabonda, e infatti mi diverto ad accompagnare viaggi con il fantastico tour operator omonimo. Il Messico mi manca, e mi attrae. L’American dream, con i suoi lati oscuri, lo conosco già. Affitterò quindo una macchina, percorrerò tutta la bassa california (la penisolona che si estende nel pacifico per oltre 1500km), dopodiché un traghetto attraverso il golfo mi porterà nel Messico continentale e con uno storico treno attraverserò la Sierra Madre Occidentale, lambendo il profondissimo canyon del rame per arrivare nella città di Chihuahua (donde gli omonimi cani orrendi).

Se ogni mio viaggio deve avere un tema, qualcosa che voglio cercare, questo ne ha due:

1) Il Nord America che sfuma nell’America latina: un road trip a partire dal confine USA tra spiagge e deserti, che si trasforma in un’avventura su mezzi pubblici locali, più o meno improbabili.

2) Il Messico “minore” che pochi visitano: niente siti archeologici nella giungla, niente musei, niente villaggi zapatisti… solo balene, deserti, montagne e narcotrafficanti.

L'itinerario del mio viaggio post-convegno

L’itinerario del mio viaggio post-convegno